Jo Šventenybė Khondung Gyana Vajra Rinpoche yra jauniausias Jo Šventenybės 41-ojo Sakya Trizino sūnus. Jis gimė 1979 m. liepos 5 d. Dehradune, Utar Pradeše, Indijoje. Ankstyvaisiais metais kartu su vyresniuoju broliu jis mokėsi pas gerbiamą Rinchen Sangpo, daugiausia dėmesio skirdamas religiniams tekstams, skaitymui, rašymui, gramatikai bei svarbiausių maldų ir ritualų įsiminimui.
Vėliau jis įstojo į Sakya Centre – pagrindinį vienuolyną ir Jo Šventenybės Sakya Trizino buveinę, kur buvo mokomas esminių tradicijos ritualų ir maldų. Baigęs studijas ten, jis penkerius metus tęsė mokslus Sakya College, gilindamas budizmo filosofijos žinias. Visą šį laiką jis reguliariai dalyvavo kasmetinėse religinėse apeigose Sakya Centre ir iš Jo Šventenybės gavo daugybę svarbių įšventinimų bei įprastų ir ypatingų mokymų.
Per daugelį metų jis intensyviai mokėsi tiesiogiai iš Jo Šventenybės, taip pat iš kitų gerbiamų lamų, tarp jų – velionio Jo Eminencijos Chogye Trichen Rinpoche, Jo Eminencijos Luding Khen Rinpoche, Khenpo Appey Rinpoche ir velionio Khenpo Migmar Rinpoche. Jis taip pat lydėjo Jo Šventenybę daugelyje mokymo kelionių Indijoje ir užsienyje, o vėliau grįžo į pasaulietinį gyvenimą. Jo Eminencija Gyana Vajra Rinpoche 2008 m. balandžio 21 d. susituokė su Dagmo Sonam Palkyi.
Po penkerių metų Sakya College jis paprašė leidimo laikinai nutraukti studijas, kad galėtų vykdyti kitas religines pareigas, ir pradėjo savo pirmąją svarbią iniciatyvą – Gyana Project. Šis projektas skirtas Sakya mokymų ir komentarų vertimui į anglų kalbą, o jam palaiminimą suteikė Jo Šventenybė Sakya Trizin, Jo Eminencija Chogye Trichen Rinpoche ir Jo Eminencija Ngor Luding Khen Rinpoche.
Jo Šventenybė 41-asis Sakya Trizin yra pažymėjęs, kad Sakya mokyklos istorijos, penkių Sakya giminės pradininkų mokymų ir šešių Sniegynų krašto puošmenų pristatymas kartu su esminiais mokymais anglų kalba būtų itin vertingas Vakarų akademikams ir Dharmos studentams. Toks rinkinys padėtų visapusiškai suprasti tantrų ir sutrų budistinį kanoną, įskaitant Vinają, Prajnaparamitą, Madhjamiką, Abhidharmą, Pramaną ir trijų įžadų skirtumus.
Kadangi šie tekstai ilgą laiką buvo prieinami daugiausia tibetiečių skaitytojams ir tibetakalbei bendruomenei, o vertimų buvo nedaug, projektas buvo sukurtas visiems Sakya mokyklos ir Dharmos sekėjams. Iš pradžių šią idėją sugalvojo velionis Khenpo Migmar Tsering, tuometinis Sakya College abatas ir vadovas. Jo mirtis buvo didelė netektis, o paskutinėmis dienomis Rinpoche pažadėjo savo mokytojui padėti šią viziją įgyvendinti.
Jo Eminencija taip pat prisideda prie Sakya Academy Project tikslų, kuriuos inicijavo Jo Šventenybė Sakya Trizin. Pagrindinis šio projekto siekis – suteikti jauniesiems novicijams tvirtą budistinį išsilavinimą, kartu įtraukiant ir šiuolaikinę programą, tokią kaip matematika bei gamtos mokslai, kad vienuolinis mokymasis išliktų aktualus platesniame pasaulyje.
Kitas Sakya Academy tikslas – išsaugoti ir skleisti brangius Viešpaties Budos Dharmos mokymus, taip pat išskirtinius Sakyapa meistrų mokymus ir gyvą tradiciją, kad jie ir ateityje galėtų teikti naudą naujoms kartoms.